Małopolska Droga św. Jakuba przebiega przez kilka krain geograficznych, co wpływa na różnorodność występującej na trasie rzeźby terenu. Trasa rozpoczyna się w: Sandomierzu – położonym pomiędzy regionem: Wyżyny Kieleckiej (Wyżyna Sandomierska) i Kotliny Sandomierskiej (Nizina Nadwiślańska, Równina Tarnobrzeska).
Jej pośrednim punktem jest: Kraków – leżący na styku regionów: Wyżyny Krakowsko–Częstochowskiej (Rów Krzeszowicki, Garb Tenczyński); Kotliny Sandomierskiej (Nizina Nadwiślańska) i Bramy Krakowskiej (Pomost Krakowski, Rów Skawiński, Obniżenie Cholerzyńskie).
Trasa prowadzi przez:
Wyżyna zbudowana jest ze skał paleozoicznych, triasowych i jurajskich. W centralnej części leżą Góry Świętokrzyskie, najstarsze pasmo górskie w Polsce. Ich przedłużeniem w kierunku: południowym–wschodnim jest Wyżyna Sandomierska ze wzniesieniami mniejszymi niż 300 m n.p.m.; natomiast w kierunku południowym – Pogórze Szydłowieckie.
Wyżyna Sandomierska – (Sandomierz, Klimontów) geologicznie stanowi przedłużenie Gór Świętokrzyskich. Różni się od nich wysokościami i krajobrazem. Jest stosunkowo płaska, pokrywa ją gruba warstwa lessu, w której na skutek erozji wytworzyła się sieć wąwozów. Wysokości nie przekraczają 300 m n.p.m. W jej granicach leżą niewysokie wzgórza, zwane Góry Pieprzowe, które krawędzią schodzą do doliny Wisły. Górotwór stanowi najstarsze w Europie odsłonięcie łupków i zlepieńców środkowo-kambryjskich, którego wiek obliczany jest na około 500 milionów lat. Nazwa wzgórz pochodzi od brunatnoszarych skał, które pod wpływem wietrzenia rozpadają się na małe grudki, podobne kolorem do ziaren pieprzu. Są pokryte warstwą lessu, w którym powstało wiele wąwozów. Na terenie gór znajduje się rezerwat przyrody „Góry Pieprzowe”, do którego z Sandomierza prowadzi szlak. Występują tu murawy kserotermiczne, skupiska dzikiej róży, wisienka stepowa, w starorzeczu Wisły – kotewka, czyli tzw. orzech wodny.
Leży pomiędzy Wyżyną Kielecką na wschodzie a Wyżyną Krakowsko-Częstochowską na zachodzie. Jest to nieckowate obniżenie zbudowane ze skał kredowych. Mezoregion obejmuje mniejsze jednostki:
Nieckę Połaniecką – (np. od Szydłowa do Kargowa) rozlegle zapadlisko tektoniczne miedzy Pogórzem Szydłowskim a Garbem Pińczowskim, które wypełniają iły, gipsy i piaski. Mogą tu pojawiać się procesy krasowe. Spotyka się obszary z wysokościami względnymi około 180–230 m, które opadają stopniem 40–50 m ku Kotlinie Sandomierskiej.
Garb Pińczowski (np. od Kargowa do Szczaworyża) to wypiętrzenie zbudowane z margli kredowych o wysokości od 100–300 m n.p.m. Jest to teren rolniczy o niewielkiej powierzchni lasów. Część obszaru Garbu stanowi Nadnidziański Park Krajobrazowy. Na obszarze tym znajduje się też fragment Szanieckiego Parku Krajobrazowego, który chroni krajobraz z kredowymi wzgórzami oraz odsłonięciami gipsowymi w formach wielokrystalicznych oraz zbiorowiska roślinności kserotermicznej i torfowiskowej.
Niecka Solecka (np. od Szczaworyża do Chotel Czer wony) na zachód od Doliny Nidy. Jest zbudowana z margli kredowych i gipsów mioceńskich, które tworzą wypiętrzenia dochodzące do 250 m n.p.m. W gipsach występują zjawiska krasowe (jaskinie, zapadliska, bramy i żłóbki skalne.
Dolina Nidy (np. Gorysławice, Wiślica) ma szerokość od 2–3 km. Dominuje krajobraz nizinny, płaski, choć występują wzniesienia zbudowane głównie ze skał gipsowych. Spotykamy tu starorzecza, meandry, tereny podmokłe, łąki, torfowiska i stawy rybne. Sporo jest łąk i pastwisk. W dolinie Nidy został utworzony Nadnidziański Park Krajobrazowy, który chroni zarówno starorzecza i roślinność Nidy, jak i zjawiska kresowe występujące w wapieniach i gipsach.
Garb Wodzisławski (np. Probołowice, Czarnocin) to pas wzgórz o zróżnicowanej wysokości – od około 360 m n.p.m. na zachodzie do 260 m n.p.m. w obniżeniu rzeki Nidy. Zbudowany z kredy i pokryty lessem, w którym powstały liczne jary i wąwozy. Teren rolniczy, choć występują znaczne powierzchnie zalesione.
Płaskowyż Proszowicki (np. Skalbmierz, Pałecznica, Niegardów) jest wtórną niecką tektoniczną zbudowaną z morskich osadów przykrytych lessem. Powierzchnia wyżyny jest rozczłonkowana siecią jarów i dolin pomiędzy wzgórzami dochodzącymi do 250 m n.p.m., które sięgają po dolinę Wisły. Mało jest tu terenów zalesionych. Ze względu na urodzajne gleby jest to obszar rolniczy.
Zbudowana z wapieni o wysokościach dochodzących od 300–500 m n.p.m. Sporo tu ostańcowych skałek wapiennych. Od południa wyżynę przecinają uskoki tektoniczne, dzięki którym powstał Rów Krzeszowicki oddzielający Garb Tenczyński od Wyżyny Olkuskiej Przedłużeniem Grzbietu są zrębowe wzgórza wapienne np. Tyńca, Wawelu, Skałki. Wędrując od Krakowa do Tyńca, wkroczymy na teren Bramy Krakowskiej – z jej jednostką Pomostem Krakowskim Na tych obszarach znajdują się trzy parki krajobrazowe wchodzące w skład Zespołu Jurajskich Parków Krajobrazowych. Są to:
Bielańsko-Tyniecki Park Krajobrazowy (np. Tyniec) – obejmuje fragment doliny Wisły i wypiętrzenia wapienne w okolicach Krakowa. Poza wartościami środowiska przyrodniczego chronione jest tez dziedzictwo materialne (kościoły, kaplice, założenia dworskie wraz z parkami)
Tenczyński Park Krajobrazowy (np. Sanka) – obejmuje pasmo Grzbietu Tenczyńskiego i częściowo Rowu Krzeszowickiego. Krajobraz jest zróżnicowany, występują liczne formy krasowe (np. ostańce) Znaczną powierzchnię Parku zajmują lasy z bogatą florą. Ochroną objęte są też liczne przykłady budownictwa (zamki, forty, kościoły).
Z jego jednostką Bramą Krakowską (Kraków, Tyniec).
Leży w dorzeczu górnej Wisły, granicząc od wschodu z Bramą Krakowską; od południa – Pogórzem Wielickim, Beskidem Makowskim i Beskidem Małym. Jest to wierzchowina pokryta glinami i żwirami, którą przecinają rzeki płynące na północ w kierunku doliny Wisły – np. dolina Skawy, Dno Kotliny położone jest na średniej wysokości około 230 m. Jest to obszar rolniczy i przemysłowy. Lasy występują tylko na niewielkiej powierzchni i przemysłowy. W ramach Kotliny będziemy wędrować:
Doliną Górnej Wisły (Zator, Spytkowice) – jest środkową części Kotliny Oświęcimskiej. Tworzy ją duży stożek napływowy. Dolina między Skoczowem a Spytkowicami ma ok. 8km szerokości i 70 km długości. Zalewowemu dnu doliny położonej na poziomie 220–240m n.p.m. towarzyszą piaszczyste tarasy z niewielkimi wydmami (10–20m) W dnie doliny i w odcinkach ujściowych h dopływów karpackich stworzone są liczne stawy rybne. W okolicach miasta Zator – Skawa wpada do Wisły.
Rozciąga się od Bramy Morawskiej na zachodzie po dolinę Dunajca na wschodzie. Jego powierzchnia jest położona wysokościach 300–500 m n.p.m. i opada ku kotlinom podkarpackim stopniem denudacyjnym związanym z nasunięciem się płaszczowin karpackich na przedpole. Jego płaskie garby są zbudowane z piaskowców, łupków, wapieni. Jest zagospodarowane rolniczo i posiada gęstą zabudowę. Na szlaku przejdziemy przez jego mezoregion:
Zbudowane z piaskowców magurskich; w zależności od wysokości poszczególnych grup górskich występuje tu od dwóch do pięciu pięter krajobrazowych. Szlak obejmie jedno z pasm: